要顺利通过水舰队基地，首先需要完成前置剧情。在凯那市码头触发水舰队偷潜水艇的剧情后，前往水静市最右侧海边使用冲浪术进入水域。向北行进会发现一个洞穴入口，这里便是水舰队基地的起点。进入基地前需确保队伍中有足够强力的宝可梦，推荐等级达到30级并携带治疗道具以应对连续战斗。
基地内部存在多个需要推石的机关区域，其中部分通道被水舰队成员把守。建议优先击败挡路的训练师获取经验值，同时留意地面闪光点可能隐藏道具。在基地中层左侧房间可拾取大师球，这是捕捉神兽的关键道具。通过推石解开路径封锁后，继续向深处前进会遭遇水舰队干部，其主力宝可梦多为水系和恶系，建议使用草系或格斗系技能应对。
水舰队首领水梧桐会驾驶潜水艇离开，在此之前需与其干部进行决战。该干部队伍包含巨牙鲨等高攻击型宝可梦，建议使用电系技能快速解决。战斗胜利后可获得潜水术等关键技能，同时解锁后续海底洞窟的探索权限。注意在离开基地前检查所有房间，避免遗漏隐藏道具如金色珠等珍贵物品。
通过水舰队基地后，游戏主线将进入新阶段。建议在基地内尽可能完成所有训练师对战以提升队伍等级，为后续海底洞窟挑战做好准备。基地内部分岔路通向隐藏区域，若时间充裕可进行全面探索。掌握水系宝可梦的弱点并合理搭配队伍属性，是攻克该区域的核心策略。
