火红版口袋妖怪中共有354种技能，这些技能分为物理攻击、特殊攻击和变化类三大类型。物理攻击包括抓、劈开等直接造成伤害的技能，特殊攻击涵盖火花、水枪等依赖特攻属性的招式，变化类则包含催眠术、剑舞等不造成直接伤害但能改变战场状态的技能。技能通过升级、技能机器或教学等方式获取，每个口袋妖怪最多可同时掌握4个技能。技能属性之间存在17种克制关系，合理搭配技能属性是战斗策略的核心。
技能威力值范围从10到150不等，命中率则从30%到100%分级设定。威力最高的技能包括破坏光线和终极冲击，但这类技能通常伴有回合结束无法行动的副作用。变化类技能虽然没有直接伤害数值，但能通过提升能力等级或施加异常状态影响战局。技能PP值决定使用次数，基础PP值在5到40之间，通过PP提升剂可增加最大值。部分技能如守住和见切具有优先度设定，能在常规行动顺序前发动。
技能学习方式主要分为升级领悟、技能机器学习和定点教学三种途径。升级领悟技能随等级提升自动获得，不同种类口袋妖怪的升级技能池存在差异。技能机器分为一次性使用的TM和可重复使用的HM，火红版包含50种TM和5种HM技能。定点教学技能需在特定地点支付游戏币学习，这类技能通常无法通过其他方式获取。技能遗忘可通过心之鳞片回忆或前往特定NPC处处理，但HM技能需要先删除才能遗忘。
技能属性克制系统包含17种属性间的相互制约关系，如火系克制草系但被水系克制。本作新增了钢系和恶系属性，使技能搭配策略更加丰富。同一属性技能享受属性一致加成，威力提升50%。技能附加效果触发率从10%到30%不等，包括灼伤、冰冻等异常状态。部分技能如打雷在特定天气条件下命中率会发生变化，晴天下火焰系技能威力提升50%。
技能系统存在隐藏机制，如连续攻击类技能实际命中次数存在随机性。会心一击概率与速度种族值相关，特定技能如刀背打必定触发会心一击。先制技能无视速度判定，但同类先制技能仍按速度决定先后顺序。技能命中计算时会受命中率与回避率变化影响，能力等级提升最多可叠加6层。异常状态会干扰技能释放，麻痹状态有25%概率使行动失败。
技能组合策略需考虑属性覆盖面和PP管理，常规配招通常包含两个本系技能、一个补盲技能和一个变化类技能。对战设施中的NPC会针对玩家技能组合进行调整，因此需要保持技能配置的灵活性。技能机器可以重复获取，但部分珍贵技能机器如破坏光线仅能通过剧情获得一次。技能教学者分布在各个城镇，需要探索地图才能发现全部教学点。技能系统作为战斗核心机制，其深度研究是通关后内容的重要组成部分。
