从一之岛前往二之岛的核心条件是获得三岛通行证。该道具需在一之岛的宝可梦实验室完成剧情任务后取得，实验室位于岛屿北部的火山洞穴附近。通行证允许玩家通过枯叶市或一之岛码头的圣安奴号游轮往返于三个主要岛屿。若未完成实验室的红宝石交付任务，则无法解锁后续岛屿航线。
抵达二之岛需从一之岛码头乘船，选择圣安奴号游轮并对话确认目的地。航行过程为自动触发，无战斗环节。若已触发三岛主线剧情但未完成，部分航线可能暂时关闭。二之岛码头位于岛屿东南侧，下船后可直接进入岛屿核心区域。该区域包含树果森林与遗迹山谷两个主要场景，需使用冲浪术穿越水域才能抵达。
从二之岛码头向西行进，需先穿越沙滩区域，在北部礁石区使用冲浪术进入内海。此处存在隐藏漩涡区域，需沿地图右侧边缘航行以避免被水流推离航线。登陆后向北前进可发现树果森林入口，向东则通往遗迹山谷。两地均设有训练家对战，建议队伍等级达到40级以上再尝试探索。
二之岛未设置固定码头，需借助岛屿南部的特殊NPC水手进行传送。与该NPC对话后，可选择返回一之岛或枯叶市。此设定可能导致部分玩家误判为路线错误，实为游戏设计机制。若需携带特定道具如龙之鳞片返回，建议提前在背包预留空位。
二之岛存在多处需使用秘传技能的区域，包括碎岩术处理的岩石障碍、闪光术照明的洞穴通道。火山洞穴内的岩浆区域需装备耐热特性宝可梦才能通过，否则会强制退回入口。建议队伍中至少配备掌握冲浪、碎岩、闪光的宝可梦各一只，否则可能遭遇路线中断的情况。
