四大天王位于石英高原的精灵联盟内部，这是游戏主线剧情的最终挑战区域。要抵达四大天王所在地，玩家需要先击败关都地区的八位道馆馆主并集齐所有徽章，随后穿过冠军之路才能到达精灵联盟。精灵联盟是一座宏伟的白色建筑，内部设有四大天王和冠军的挑战区域，每个天王都拥有特定属性的强力宝可梦队伍。
进入精灵联盟后，玩家将依次面对四位天王，他们的位置是固定的，按照特定顺序排列。第一位是擅长冰系宝可梦的科拿，她的队伍包括白海狮、铁甲贝等强力冰系宝可梦。第二位是使用格斗系的希巴，他的队伍以怪力、沙瓦郎等格斗系宝可梦为主。第三位是幽灵系专家菊子，她的主力是耿鬼、鬼斯通等幽灵系宝可梦。最后一位是龙系专家渡，他的队伍包括快龙、暴鲤龙等高等级龙系宝可梦。
挑战四大天王前需要做好充分准备，建议队伍等级达到55级以上，并携带足够的恢复道具。每位天王的宝可梦都有明确的等级范围，科拿的宝可梦等级在50-54级之间，希巴的在50-55级，菊子的在51-54级，渡的则在52-57级。战斗采用连续对战形式，中途无法返回补给药，因此需要合理分配资源和战术。
击败四大天王后，玩家将面对前任冠军小茂，这是游戏的最终战斗。战胜小茂后，大木博士会出现并将玩家记录为新的联盟冠军，完成主线剧情。通关后游戏会重新开始，但玩家可以继续探索未完成的支线内容，包括前往七岛地区进行后续冒险，这些区域需要通过特定船票才能到达。
在通关后再次挑战四大天王时，他们的宝可梦等级和阵容会有所提升，为玩家提供更高难度的战斗体验。完成特定条件后还可以升级图鉴至386版，开启更多宝可梦的收集和培养内容，这些后续玩法都建立在击败四大天王的基础之上。
